ЦНПО в своей деятельности руководствуется законодательными и нормативными актами Республики Казахстан, Уставом ТОО «МОК», Положением о ЦНПО.
ЦНПО определяет научную и инновационную деятельность на основе Стратегической программы развития МОК, решений Ученого совета МОК и Научно-технического совета.
Целью деятельности центра является содействие наиболее полному использованию научного и интеллектуального потенциала МОК, комплексному развитию научно-исследовательской, научно-производственной деятельности для повышения эффективности результатов НИОКР и качества обучения, организации инновационной деятельности, реализации образовательных программ и укреплению международного сотрудничества ученых и специалистов.